2020年突如其来的新冠肺炎疫情，黄其婧第一时间主动请缨，增援发热门诊的工作；医院号召大家驰援湖北，她又第一时间主动向前冲，加入广西第四批医疗队驰援武汉沌口方舱医院、武汉协和医院西院开展疫情救治工作。此时，她刚与长期异地的男友登记结婚，原计划过春节和2月13日举办的婚礼全部取消。她在《请战书》中写到：疫情就是命令，作为一名共青团员，一名团支部书记，将以身作则，牢记初心，担当使命。发挥青年团干部的模范先锋作用，不畏惧，不退缩，参加到一线战斗中去，用自己的行动接受考验。作为武汉沌口方舱医院医疗队队员，她与其他9名护理人员，管理200多张病床，奋战20多天。在做好日常护理工作的同时，发挥中医护理优势，开展中医康复指导如穴位按摩、耳穴埋豆、八段锦等技术和操作，受到自治区医疗队和患者的一致好评，在她们的辛勤努力下，沌口方舱医院完成使命，医护人员零感染完美休舱。经过5天休整后，她又跟随队伍转战武汉协和医院西院。